W 1935 r. pozbawiono go możliwości wykonywania zawodu na terenie Śląska. Przeniósł się potem do Berlina, gdzie obronił doktorat i otworzył prywatną praktykę lekarską.
Augustyn Kośny zaginął 25 lipca 1939 roku w nieznanych okolicznościach. W poszukiwania zaginionego włączyli się przedstawiciele polskiej służby dyplomatycznej w stolicy. Jego ciało, noszące ślady licznych tortur, odnaleziono 28 lipca 1939 r. w kanale Landwehry. Został pochowany w rodzinnych Chróścicach.
Pośmiertnie został odznaczony w dniu 2 lipca 1947 r. Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.