Podstawową formą realizacji zadań IPN związanych z badaniami nad historią najnowszą są Centralne Projekty Badawcze (CPB) realizowane przez zespoły naukowców z Centrali w Warszawie i regionalnych ośrodków, objętych działaniem poszczególnych oddziałów IPN. Większość z nich jest realizowana (w zmienionych formach) od początku istnienia Instytutu, przy czym są to zarówno prace o charakterze zbiorowym (realizowane przez zespoły badaczy), np. w postaci syntez i zbiorów studiów, jak i indywidualne monografie, wpisujące się w tematykę konkretnych CPB. W pracach nad poszczególnymi projektami, poza badaczami z pionu naukowego, uczestniczą też pracownicy pozostałych pionów IPN, a także badacze zatrudnieni w innych ośrodkach naukowych (uczelnie wyższe, instytuty PAN itp.).
Za merytoryczną realizację projektu odpowiada jego koordynator. Nadzór nad koordynatorami Centralnych Projektów Badawczych sprawuje Dyrektor Biura Badań Historycznych.
Centralne projekty badawcze:
-
II wojna światowa i okupacje ziem polskich 1939-1944/45 – dr Ksawery Jasiak,
-
„»Solidarność« i opór społeczny w PRL 1956–1989” – Bartosz Janczak.